Hiệp hội thiên văn quốc tế (IAU) đã chấp nhận cái tên Nix và đã công bố nó vào ngày 21 tháng 6 năm 2006 cùng với việc đặt tên Hydra trong Thông tư IAU 8723.[15] Nix được đặt tên theo Nyx, nữ thần bóng đêm của Hy Lạp và là mẹ của Charon, người chèo đò của Hades trong thần thoại Hy Lạp. Hai vệ tinh mới có tên một cách có chủ ý theo tên viết tắt N và H để vinh danh sứ mệnh New Horizons đến Sao Diêm Vương, tương tự như cách hai chữ cái đầu tiên của tên Sao Diêm Vương tôn vinh Percival Lowell.[16][11]Đề nghị ban đầu cho việc đặt tên cho Nix là sử dụng cách đánh vần cổ đại Nyx, tuy nhiên để tránh sự nhầm lẫn với tiểu hành tinh 3908 Nyx, cách đánh vần đã chuyển thành Nix, kiểu đánh vần Ai Cập của cái tên.[16]Dạng tính từ của cái tên là Nictian (tiếng Nga Никта Nikta).

Tên của các đặc điểm trên các vật thể trong hệ Sao Diêm Vương có liên quan đến thần thoại và văn học và lịch sử khám phá. Cụ thể, tên của các đặc điểm trên Nix phải liên quan đến các vị thần bóng đêm từ văn học, thần thoại và lịch sử.[17]